重点科室：骨科、中医（颈肩腰腿痛）、内科、外科、妇科、康复医学科。

骨科：骨科是上虞第三医院的重点科室，设两个骨科病区（五病区、六病区）及骨科专家门诊、周巷伤科门诊等多个科室，每日至少4名骨科医生坐诊。2016年与慈溪第三人民医院共建周巷劳氏骨伤科合作医院，2023年成为绍兴市人民医院党建联建单位和骨科专家工作站， 为上虞及周边地区骨科患者带来福音。骨科业务范围包括：脊柱外科、关节外科、手足外科、创伤骨科、运动医学等相关骨科疾病的诊治、手术和治疗。

中医（颈肩腰腿痛）：医院发展的重点专科。年门诊量25000余人次，开放床位10张，年微创手术几十台。科室拥有一支朝气蓬勃、团结向上、技术娴熟的疼痛诊疗团队。与浙江省人民医院疼痛科团队紧密合作，在我院成立中医颈肩腰腿痛李顺医师工作室，由浙江省人民医院疼痛科主任李顺带领其团队定期出诊，开展专科对口扶持、业务指导、远程会诊、双向转诊、手术等合作。科室目前已熟练开展颈肩腰腿疼痛、神经病理性疼痛、癌痛三大慢性疼痛领域的常规诊疗技术，包括中医中药、冲击波物理治疗、针灸针刀、彩超下可视化神经阻滞、臭氧射频消融术、PRP、椎间孔镜等多种诊疗技术。

内科：集心血管、消化系统、呼吸系统、内分泌、内科肿瘤等为一体的大内科，现有床位 86张（共设两个病区：三病区、四病区），配备了专业的医疗设备，如呼吸机、呼吸气囊、血糖仪、微量泵、输液泵、胰岛素泵、心电监护仪、心电图机等，满足患者日常护理所需。

外科：目前开展包括普外科、神经外科专科门诊、肛肠便秘专科门诊、泌尿外科、甲乳外科、包皮过长、胆囊微创手术、静脉曲张专科门诊等专业，开放床位35张，由多名主任医师、副主任医师和高年资主治医师组成。在脑神经、甲乳、痔瘘、外周血管疾病方面拥有多年经验及诸多特色技术。

妇科：重点科室，由徐秋媛领衔，多名妇科主任医师、副主任医师、高年资主治医师组成，多年临床经验，学术能力强、梯队建设完整。妇科秉承“关爱‘她健康’——让更多关爱守护女性健康”的服务理念，致力于为您提供专业的妇、康一体化诊疗服务。科室配备宫腔镜系统、腹腔镜系统、LEEP刀、飞利浦多普勒彩色超声影像系统等检查、诊断、治疗设备，熟练开展妇科各种常见病及疑难病的诊治。

康复医学科：由重症康复病区（HDU病房）、普通康复病区及康复治疗区组成，可以开展重症康复治疗。设有康复治疗室、综合训练室、理疗室、语言训练室以及全套康复设备，专业开展运动治疗、作业治疗、吞咽训练、（电、声、光）治疗、高压氧舱治疗等，主要收治脑血管疾病、颅脑创伤、脊髓损伤康复，骨与关节损伤康复、慢性病康复等。