重点科室：骨科、妇科、脑康复（高压氧）科、重症医学科、综合内科、综合外科等。
骨科：浙江省人民医院骨科共建学科，现有床位55张，由8位主任医师、副主任医师和多位富含临床经验的中青医师组成的医疗团队。除传统的创伤、脊柱、关节、手足显微手足外科之外，还开展关节镜微创、脊柱微创和骨病非手术治疗、颈肩腰背痛治疗、中医针炙、推拿、冲击波等特色专科技术。
妇科：以妇科常见疾病诊治为基础，聚焦宫颈疾病、宫腔疾病、更年期等疾病，开展宫腔镜技术、妇科微创治疗技术、私密整形术等特色技术，并与国内享有盛誉的中信湘雅生殖与遗传专科医院合作，建立不孕不育辅助生育特色专科。
脑康复（高压氧）科：以神经康复与高压氧治疗为特色，拥有床位78张、配备单人高压氧舱3台，由浙江省高压氧质控中心原常务副主任汤中泉领头、多位富含临床经验的中青医师和康复治疗师组成的医疗团队。重点开展脑出血、脑外伤、脑梗死恢复期规范化的康复，各种有害气体中毒（包括一氧化碳中毒等）毒物中毒的抢救，迟发性脑病治疗、心肺复苏后急性脑功能障碍、突发性耳聋、帕金森病、痴呆等疾病的治疗。
重症医学科（ICU）：科室配备专业的生命体征监护设备，呼吸机、床边血滤机、支气管镜、输液泵、注射泵、冰毯等设备，为危重患者的抢救提供了良好的条件。现有床位18张（含2个负压病房）。收住病种涵盖重度中毒、脑出血、大面积脑梗塞、休克、急性呼吸衰竭、重症感染、ARDS、心肺脑复苏、急性肾衰竭、肺栓塞、严重水电解质紊乱、高风险手术术后管理等。科室常规开展机械通气、实时床旁超声协助的多脏器评估，镇痛镇静技术，气管插管，经皮气管切开，纤支镜检查及肺泡灌洗，中心静脉置管，连续性肾脏替代治疗，有创血流动力学监测，经皮胃造瘘及空肠造瘘等ICU核心技能。
综合内科：以急性脑血管、癫痫、帕金森病诊治，内窥镜下消化病诊治，心脏介入诊治，心脏康复为特色。现有两个病区，床位156张。
综合外科：以泌尿结石、胆囊结石、肛肠病、甲状腺乳腺病、颅骨缺损等疾病诊治为为特色。现有床位25张。
创伤中心：涵盖院前急救（120）、外科急诊及创伤复苏单元、创伤综合病房，实现创伤与急危重症的一体化救治，提高了外科急危重症病人救治能力。
卒中中心：联合院前急救（120）、急诊科、内科（神经）、重症医学科、影像科等多个学科，为卒中患者提供个性化的治疗途径及方案，缩短救治时间，大程度改善卒中患者预后和减少医疗费用。
重点科室：骨科、中医（颈肩腰腿痛）、内科、外科、妇科、康复医学科。
骨科：骨科是上虞第三医院的重点科室，设两个骨科病区（五病区、六病区）及骨科专家门诊、周巷伤科门诊等多个科室，每日至少4名骨科医生坐诊。2016年与慈溪第三人民医院共建周巷劳氏骨伤科合作医院，2023年成为绍兴市人民医院党建联建单位和骨科专家工作站， 为上虞及周边地区骨科患者带来福音。骨科业务范围包括：脊柱外科、关节外科、手足外科、创伤骨科、运动医学等相关骨科疾病的诊治、手术和治疗。
中医（颈肩腰腿痛）：医院发展的重点专科。年门诊量25000余人次，开放床位10张，年微创手术几十台。科室拥有一支朝气蓬勃、团结向上、技术娴熟的疼痛诊疗团队。与浙江省人民医院疼痛科团队紧密合作，在我院成立中医颈肩腰腿痛李顺医师工作室，由浙江省人民医院疼痛科主任李顺带领其团队定期出诊，开展专科对口扶持、业务指导、远程会诊、双向转诊、手术等合作。科室目前已熟练开展颈肩腰腿疼痛、神经病理性疼痛、癌痛三大慢性疼痛领域的常规诊疗技术，包括中医中药、冲击波物理治疗、针灸针刀、彩超下可视化神经阻滞、臭氧射频消融术、PRP、椎间孔镜等多种诊疗技术。
内科：集心血管、消化系统、呼吸系统、内分泌、内科肿瘤等为一体的大内科，现有床位 86张（共设两个病区：三病区、四病区），配备了专业的医疗设备，如呼吸机、呼吸气囊、血糖仪、微量泵、输液泵、胰岛素泵、心电监护仪、心电图机等，满足患者日常护理所需。
外科：目前开展包括普外科、神经外科专科门诊、肛肠便秘专科门诊、泌尿外科、甲乳外科、包皮过长、胆囊微创手术、静脉曲张专科门诊等专业，开放床位35张，由多名主任医师、副主任医师和高年资主治医师组成。在脑神经、甲乳、痔瘘、外周血管疾病方面拥有多年经验及诸多特色技术。
妇科：重点科室，由徐秋媛领衔，多名妇科主任医师、副主任医师、高年资主治医师组成，多年临床经验，学术能力强、梯队建设完整。妇科秉承“关爱‘她健康’——让更多关爱守护女性健康”的服务理念，致力于为您提供专业的妇、康一体化诊疗服务。科室配备宫腔镜系统、腹腔镜系统、LEEP刀、飞利浦多普勒彩色超声影像系统等检查、诊断、治疗设备，熟练开展妇科各种常见病及疑难病的诊治。
康复医学科：由重症康复病区（HDU病房）、普通康复病区及康复治疗区组成，可以开展重症康复治疗。设有康复治疗室、综合训练室、理疗室、语言训练室以及全套康复设备，专业开展运动治疗、作业治疗、吞咽训练、（电、声、光）治疗、高压氧舱治疗等，主要收治脑血管疾病、颅脑创伤、脊髓损伤康复，骨与关节损伤康复、慢性病康复等。
重点科室：内科、内科（消化）、外科、全科医疗科、重症医学科、中医科、中西医结合科等。
内科：医院重点打造的临床核心科室，是集内科系统疾病中西医治疗、康复于一体的综合性科室。设有门诊、住院病房等诊疗区域，同时承担内科危重症抢救与监护任务。老年内科是医院重点学科，经过多年的发展，本科室具备了良好协调处置老年疾病的综合能力。内科医护人员梯队结构合理，专业理论扎实，临床经验丰富，技术力量雄厚，科室近年来取得了长足发展，在消化疾病、呼吸疾病、心脑血管疾病、神经、内分泌代谢等专科疾病的诊断和治疗方面积累了扎实丰富的临床经验，依据各疾病专业指南，结合患者具体情况提供规范同时不失个性化的诊疗方案，受到患者朋友的好评。
内科（消化）：在消化系统的常见、多发病及疑难、危重疾病的诊治方面积累了多年的临床经验，已形成一套自已的诊疗常规，成功救治大量消化系统患者。目前，科室拥有3名主任医师，专业理论扎实，临床经验丰富，技术力量雄厚，人员结构合理，已形成了一支素质好、学历高职称高、业务精、肯吃苦、整体实力强、团结协作精神好、医德医风端正、创新意识强、专业人才结构与梯队趋于合理的专业技术队伍。
外科：建院成立较早的临床科室，依托专业的层流手术室，配备有麻醉机、监护仪、显微镜、C臂机等一大批诊疗设备仪器。2024年，我院成为杭州市中西医结合学会疮疡专业委员会“绍兴疮疡基地”，运用当今治疗压疮的多种技术整合创新，相互交叉渗透，探索出了一套行之有用的慢创治疗体系，对患者实施“一站式”诊疗服务。科室开设压疮门诊，并设床位66张。主要针对皮肤慢性溃疡、压疮(褥疮)、糖尿病足等局部缺血性坏死形成的溃疡开展综合治疗以及对顽固性创面的手术修复和护理。具备处理各种创面的非手术和手术治疗的一整套技术。
全科医疗科：一个集多个学科专业的医疗团队组成的适应新社会医疗需求的综合性科室。科室人员结构合理，技术力量雄厚，学科优势明显。满足内科常见病、多发病及各种未分化疾病的诊疗需求，尤其对合并多种疾病的中老年患者提供一站式诊疗，以维护整体健康为理念，竭诚为患者提供专业、便捷、贴心的医疗服务。
重症医学科：我院是绍兴市开设重症学科的非公立医院中非常早的一家。医护技术力量过硬，学科带头人和骨干都是曾在三级医院工作过的ICU主任和呼吸、心血管、ICU等专业医师。目前设置床位38张，其中重症监护病房床位 8 张，重症治疗病房床位30张，每床均配备心电监护仪，还配有呼吸机、电子控温毯、空气波压力循环治疗仪、血气分析仪等设备。
中医科：科室秉承“医道仁心、病者为本”的理念，以温良的整体氛围，惠泽一方百姓。整个团队齐心协作、奋发进取，在传统中医辨证施治的基础上，不断探索自己的治疗经验，采用中医特色诊疗，在多种慢性病、疑难病中取得了不错的疗效。
中西医结合科：自成立以来，始终秉持“中西医融合”的特色理念，致力于为广大患者提供专业的中西医结合特色医疗服务。
